Ds. Boer is expert op het gebied van de Bevrijdingstheologie. In een artikel in het blad ‘’Kerk en Israël onderweg’’, gaat hij uitvoerig in op de reacties die het Kaïrosdocument van de PKN teweeg heeft gebracht onder Christenen en Joden in zowel positieve als negatieve zin. De beschrijving daarin van de onopgeefbare verbondenheid met Israël, wordt zeer verschillend uitgelegd.

Ds. Boer pleit ervoor om de angst onder Joden dat ze er (weer) niet bij mogen horen, serieus te nemen. In zijn pleidooi om op te komen voor het lijden van het Palestijnse volk roept hij Christenen op om met deze joodse gevoeligheden rekening te houden.

Ds. Boer kan zich niet vinden in de naar zijn oordeel te radicale Israëlopstelling van de

Stichting ‘’Christenen voor Israël’’, maar evenmin in de bewering van sommige Israëlcritici dat de Joodse Shoa (vernietiging) uit de 2^e wereldoorlog gelijkgesteld moet worden met de verdrijving van de Palestijnen uit Israël.

Wie de avonddienst op Israëlzondag 2011 in de Ontmoetingskerk heeft meegemaakt weet dat ds. Huib Stolk in zijn preek geciteerd heeft uit het artikel van ds. Boer.